Постановлением Президиума Академии Наук Азербайджанской ССР от 14 апреля 1972 года создано Шекинская  Зональная Научная База (ШЗНБ) при Институте Физики НАНА.  Цель создания данного предприятия состояла развитие  промышленности и сельско- хозяйства Шеки-Загатальского экономического района , применяя в производстве передовые достижения науки  для повышения эфективности.

Согласно постановлению № 13/1 Президиума Академии от 16.04.1995 года Шекинскому Зональному Научной Базе дан статус  Шекинского Регионального Научного Центра. Согласно этому решению, в Научном Центре пять исследовательские  группы превратилась в лабораторию и дополнительно создая два новых лаборатории "Фолклороведение  и Народных Ремесел" и "Изучение Селей",  их  число было доведено до 7.

Соответствие с новым Уставом в 2014 году осуществлены структурные изменения в Шекинском Региональном Научном Центре НАНА.

Научная деятельность Шекинского Регионального Научного Центра  осуществляется  Уставом, утвержденным  Президиумом НАНА и  зарегистрированным  в главном управлении Регистрации и Нотариата министерства Юстиции Азербайджанской Республики, а также Инструкции  Научного Совета,  утвержденном в общем  собрании  ШРНЦ.