Постановлением Президиума Академии Наук Азербайджанской ССР от 14 апреля 1972 года создано Шекинская Зональная Научная База (ШЗНБ) при Институте Физики НАНА. Цель создания данного предприятия состояла развитие промышленности и сельско- хозяйства Шеки-Загатальского экономического района , применяя в производстве передовые достижения науки для повышения эфективности.
Согласно постановлению № 13/1 Президиума Академии от 16.04.1995 года Шекинскому Зональному Научной Базе дан статус Шекинского Регионального Научного Центра. Согласно этому решению, в Научном Центре пять исследовательские группы превратилась в лабораторию и дополнительно создая два новых лаборатории "Фолклороведение и Народных Ремесел" и "Изучение Селей", их число было доведено до 7.
Соответствие с новым Уставом в 2014 году осуществлены структурные изменения в Шекинском Региональном Научном Центре НАНА.
Научная деятельность Шекинского Регионального Научного Центра осуществляется Уставом, утвержденным Президиумом НАНА и зарегистрированным в главном управлении Регистрации и Нотариата министерства Юстиции Азербайджанской Республики, а также Инструкции Научного Совета, утвержденном в общем собрании ШРНЦ.