Azərbaycan SSR Elmlər Akademiyası Rəyasət Heyətinin 14 aprel 1972-ci il tarixli iclasnın qərarı ilə akademiyanın Fizika İnstitutunun nəzdində  Şəki Zona Elmi Bazası (ŞZEB) yaradılmışdır. Bu müəssisənin yaradılmasında məqsəd Şəki-Zaqatala iqtisadi rayonunun sənaye və kənd təsərrüfatını daha da inkişaf etdirməkdən ötrü elmin qabaqcıl nailiyyətlərini istehsalata tətbiq etməklə səmərəliliyi artırmaqdan ibarət idi.

16.04.1995-ci il 13/1 saylı Akademiyanın Rəyasət Heyətinin qərarına əsasən Şəki Zona Elmi Bazasına  Şəki Regional Elmi Mərkəzi statusu verildi. Həmin qərarla Elmi Mərkəzdəki beş tədqiqat qrupu laboratoriyaya çevrildi və əlavə olaraq iki yeni - “Sellərin Öyrənilməsi”və “Folklorşünaslıq və El Sənətləri”  labo ratoriyaları yaradılıaraq, laboratoriyaların sayı 7-yə çatdırıldı.

 2014-cü ildə Şəki Regional Elmi Mərkəzdə AMEA-nın yeni  Nizamnaməsinə uyğun olaraq, struktur dəyişiklikləri həyata keçirilmişdir.

AMEA-nın Şəki Regional Elmi Mərkəzi öz fəaliyyətini ŞREM-in Elmi Şurası  tərəfindən  təsdiq edilmiş və Azərbaycan Respublikası Ədliyyə nazirliyi Qeydiyyat və Notariat baş idarəsi tərəfindən qeydə alınmış  Nizamnamə, həmçinin ŞREM-in Ümumi yığıncağı  tərəfindən təsdiq edilmiş Elmi Şuranın Əsasnaməsi ilə həyata keçirilir.