AMEA Şəki Regional Elmi Mərkəzində 2013-2018-ci illər ərzində aşağıda qeyd olunan istiqamətlər üzrə 8 şöbədə ŞREM-in Elmi Şurasında qəbul edilmiş mövzular üzrə  elmi tədqiqat işləri yerinə yetirilir:

1. İqlim dəyişmələri, Şəki-Zaqatala bölgəsində dağıdıcı proseslərin və səhralaşmanın tədqiqi
2. Azərbaycan aqrar islahatlar dövründə innovasiya əsaslı iqtisadi yüksəlişin nəzəriyyə və metodologiyasının inkişaf etdirilməsi
3. Mədəni, iqtisadi, tarixi, arxeoloji və elmi irsin qorunması və tədqiqi, aşkarlanması, sistemləşdirilməsi, elmi təsviri, bərpası və konservasiyası